مرکز اسناد انقلاب اسلامی در سال ۱۳۷۸، مجموعه اسناد ساواک در باره شریعتی را در سه جلد و با نام «شریعتی به روایت اسناد ساواک» به چاپ رساند. چاپ گزینشی برخی از اسناد ساواک در باره شریعتی در «فصلنامه» تخصصی در حوزه تاریخ پژوهی ایران معاصر ۱۵ خرداد با مدیر مسئولی سید حمید روحانی و سردبیری مظفر نامدار در سال ۱۳۷۳، واکنش منفی بسیاری را در میان سیاستمداران و اهالی فرهنگ به دنبال داشت. فصلنامه ۱۵ خرداد با چاپ گزینشی اسناد مربوط به شریعتی، او را همکار ساواک در پروژه “روحانیت ستیزی” نظام شاهنشاهی معرفی کرده بود و سید حمید روحانی که در آن زمان علاوخ بر مدیر مسئولی این فصلنامه، مسئولیت مرکز اسناد انقلاب اسلامی را نیز به عهده داشت (تا سال ۱۳۷۶) متهم به سوء استفاده از موقعیت خود برای افشاگری های مغرضانه شد. از همین رو مرکز اسناد انقلاب اسلامی، چند سال بعد و این بار با مدیریت روح الله حسینیان به چاپ تمامی اسناد مربوط به شریعتی اقدام کرد با این توضیح که:

«مرکز اسناد انقلاب اسلامی در راستای وظیفه خود مبنی بر ارائه تصویر شخصیت های معاصر ـ آنگونه که هستند و از اسناد آشکار و محرمانه استنباط می شود ـ هر چند خود را محق می داند تا شخصیت سیاسی وی را مورد قضاوت قرار دهد اما تنها به انتشار مجموع اسناد ساواک در مورد او اقدام نموده است. از آنجا که شخصیت دکتر علی شریعتی در حوزه عمل و اندیشه موضوع مناقشه جدی میان موافقین و مخالفین بوده است، مرکز اسناد سعی نموده ضمن رعایت بی طرفی، به نشر این اسناد اقدام نماید و در این رهگذر قضاوت را به محققین واگذار کند تا شاید از عینیت اسناد نقبی به واقعیت زنند و به حقیقت قضاوت نزدیک شوند.»
این اسناد زندگی سیاسی علی شریعتی را از دهه سی تا یک سال پس از مرگش در بر می گیرد، به عبارتی نشان می دهد که او تقریبا همه عمر موجودی بوده است «تحت تعقیب»!
کتاب «شریعتی به روایت اسناد ساواک» نشان می‌دهد که فضای پر تنش میان محافل روحانی و سنتی ـ مذهبی و حسینیه‌ی ارشاد و در راس آن علی شریعتی از آغاز دهه‌ی ۱۳۵۰ شکل می‌گیرد و در فاصله‌ی ۱۳۵۲ تا اول انقلاب ایران به اوج خود می‌رسد. اسناد از مساجدی در سطح شهر تهران نام می‌برند که بدل به کانون پخش اطلاعیه‌ها و جزوه‌های منتقدین روحانی شریعتی می‌شوند (مسجد شیشه در خیابان شیخ هادی، مسجد اراکی در خیابان خیام و…). از محافل و بیوت روحانیونی که به فعالیت‌های حسینیه‌ی ارشاد با سوء ظن می‌نگرند و دست آخر نقشی که ساواک در دامن زدن به این تنش بازی می‌کند (از جمله تخصیص بودجه برای تکثیر جزوات و فتاوی‌ای که از سوی چهره‌های روحانی علیه شریعتی منتشر می‌شد.)